翌日
江城大学生物实验楼三楼,走廊里弥漫着淡淡的消毒水气味。
胡彪站在“复杂疾病非编码RNA功能演化数据分析室”门口,轻轻叩了叩敞开的门。
数据分析室很大,被划分成几个区域,靠墙是一排排闪烁着各色指示灯的测序仪和高性能计算服务器;中间是几张长实验台,摆放着离心机、PCR仪等设备;最里面则是一个小型会议区,白板上写满了复杂的公式和通路图。
四个人正围在会议区讨论着什么,听到敲门声,齐齐转过头来。
“请问,哪位是秦语师姐?沈院长让我来这里……”胡彪开口。
“你就是胡彪吧?”四人中一名漂亮女生站起身,她看起来二十五六岁,扎着干净利落的马尾,面容清秀,穿着白大褂,里面是简单的米色针织衫,“我是秦语,沈老师昨天已经和我们说过了,欢迎加入分析组。”
一个戴着黑框眼镜、头发略显凌乱的男生也反应过来,他约莫二十七八岁,身材瘦高,穿着格子衬衫和牛仔裤,也站了起来,对着胡彪笑道,“我是陈浩然,也是沈老师的博士生。主要做生物信息学分析,特别是序列比对和功能预测这块。”
另一个男生看起来年纪稍大,约莫三十出头,身材微胖,穿着深蓝色POLO衫,笑容温和:“周明远,博士后,负责课题的整体数据整合和项目管理。咱们这个项目是江城大学和瑞康制药的校企合作项目。”
最后一位女性看起来最为成熟,约莫三十四五岁,穿着剪裁得体的深灰色西装套裙,气质干练:“我是李薇,瑞康制药生物信息部的高级研究员,负责将课题组的研究发现与公司的药物靶点筛选工作对接。”
胡彪微笑着一一问好,心里对这数据分析室有了初步的认知,秦语负责上游实验生成数据,陈浩然负责核心分析,周明远统筹协调,李薇则代表资方并利用资言的资源认证。
“胡彪学弟,你的那篇论文我昨天连夜看完了,正好今天准备验证一下,你就来了,实在是太好了。对了,你确定你现在是大一?!”陈浩然半开玩笑的道,
胡彪无奈一笑。
实验室其他几人也都笑了起来,笑完之后,便是有些尴尬的沉默。
都是理工狗,年纪都不小了,但社交能力进步不大。
“好了,一个个的别和小学弟开玩笑了,陈浩然,你带学弟熟悉一下实验室,介绍一下我们的工作,正好,师弟不是擅长数据解构分析吗?正好让他分担一下你那块的工作,这也是老师的意思。”秦语开口道,年纪最轻的她是数据分析室里的话事人。
“好!”对此,陈浩然也没什么不满,反而很高兴,数据分析这种事情,真的是很麻烦,有一个人来帮他分析工作,他高兴还来不及呢。
“其实我们这个实验室只是课题组的一部分,主要承担的工作就是数据分析对比……”陈浩然带着胡彪在实验室转了一圈,最后来到自己的工位旁,指着旁边的空位道,“数据分析室不大,但我们人也少,这几个工位置你随便选。”
谢谢!
胡彪道了声谢,选了一个空座位放下了书包,整理好东西,打开电脑。
“师弟,给个邮箱,我把需要分析的数据和需求发给你,有什么不懂的就来问我。”
“好!”胡彪点了点头,把自己的邮箱报了出来,接收了数据,然后认真的看了起来。
他一个刚刚插队进入分析的大一新生,第一天进组能干什么?
当然是先熟悉分析室的情况喽。
就这么看了半小时,秦语突然推着一个白板走到了实验室的中心,然后拍了拍手。
“好了,大家都过来吧,对照组那边刚刚发来一组数据,需要分析,要的很急,大家都来看看!”
秦语一边说,一边拿着笔在白板上写着,不多时,小白板上就布满了符文一般的数学符号和数据,“这是一组与神经退行性疾病相关的长链非编码RNA序列。这些序列在不同物种间保守性极低,但临床数据又强烈提示它们可能在疾病发生中起调控作用。”
“问题在于,”秦语指着白板上的一串序列比对图,“用传统的Clustal Omega、MAFFT这些工具比对,结果简直一团糟。高变区域完全无法对齐,更别提识别可能的功能模块了。”
这时,李薇适时补充道:“公司那边希望能在年底前锁定几个有潜力的靶点进入初步筛选。如果序列比对这关都过不了,后续的保守性分析、二级结构预测、互作网络构建全都无从谈起。”
陈浩然看着白板上的内容,眉头微微一挑,转头对胡彪道,“师弟,你看看这几组序列,适不适用你提出的多序列对比算法,我记得你的论文里有相关的内容。”
“呃,这个……”
“让让,都让让,让我们的小师弟装个逼!”
一边的周明扬叫了起来,一脸兴奋的模样。
胡彪有些懵,看着白板上有如天书一般杂乱无章的序列,扯了扯嘴角,“装逼,装个鬼啊,我才大一,你觉得这东西是我能装的吗?这种序列,光是建模就要好几天……”
“浩然,你怎么看?”
陈浩然摇了摇头,“这些序列长度差异很大,又不能随意修剪,因为我们不知道修剪阈值,这里面的度很难把握。剪多了怕丢失功能区域,剪少了又解决不了根本问题,师弟,我不是开玩笑,你的多序列对比算法可能会有帮助,不过,对你的那个算法我还没有吃透,有些地方,还需要你帮忙。”
“浩然,看来你是有思路了?”秦语似乎看出了点什么,问道。
“也不能算是思路吧。”陈浩然站起来,走到白板前,拿起记号笔,在白板空白处画了起来,“算是受到师弟那篇论文的启发,如果用动态规划结合熵权模型,我们可以设计一个自适应阈值。简单来说,不是固定一个长度或复杂度阈值,而是让算法根据局部序列特征动态决定哪些区域需要被重点对待,哪些可以相对宽松。”
他迅速勾勒出一个简单的算法框架:“比如这里,我们可以引入一个基于局部信息熵的权重函数。在序列高度变化的区域,降低严格比对的权重,允许更多的空位插入;而在相对保守的区域,则提高权重,确保核心功能模块对齐的精确性。”
秦语眼睛一亮:“这相当于给算法加了一个注意力机制,让它知道该在哪里聚焦?”
“可以这么理解。”陈浩然点头,“不过实现起来,需要在动态规划的核心递推公式里嵌入一个权重调整项。这就需要师弟的帮助了,毕竟论文是你写的,其中的一些思路,还是你最清楚。”
“那就试试吧!”胡彪苦笑道。
话都说到这个份上了,想要推辞也不可能了。
接下来的几个小时,陈浩然帮他配置好了计算环境,秦语提供了数据访问路径和元数据说明,周明远则协调了服务器资源的优先级。
胡彪算是真正见识了一个真正的生物实验室的工作流程。
不管怎么说,收获还是很大的。
下午,就在他与陈浩然讨论算法的时候,手机震动起来,他瞥了一眼屏幕,是林晚晴。
“抱歉,我接个电话。”他走到实验室外的走廊。
电话刚一接通,林晚晴带着委屈和怒意的声音就传了过来:“胡彪!你现在在哪?我可被你害惨了!”
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