第二次入侵
战事再起
在战争平息了一年多后，1596年4月，朝鲜的使者李宗城因为犯了贪淫罪，被日本守臣所逐，奔还汉城，朝鲜方面随即下诏逮捕其入狱，但已惹来丰臣秀吉的不满。5月，明朝再次提议赐封丰臣秀吉，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬一同前往。9月，明朝赐封的使者杨方亨抵达日本，但丰臣秀吉因朝鲜王子不偕同前来以答谢而发怒。结果丰臣秀吉不肯受封，并决心再次发兵侵略朝鲜。在1597年1月，日军拒不退出釜山，朝鲜得知日军再次入侵，于是遣使再至明朝求援。这次再侵朝鲜，丰臣秀吉吸收了上次海战失利使得不能大量运兵和运输补给的教训，使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，使得李昖将李舜臣下狱，其后将其贬为士兵，只能白衣从军。
万历二十五年正月，丰臣秀吉发动了第二次对朝战争。这次来势更加汹汹，准备更加充足。神宗得讯后，知道使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒。当即大怒，马上下令革去兵部尚书石星等人的职务，令邢玠以兵部尚书出任总督，都御史杨镐经略朝鲜军务，再次出兵援朝。同时下谕旨声明石星罪状“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，……着锦衣卫拿去法司，从重议罪来说”
八万大军再援朝鲜
1597年初，日本出动陆军141490人，水军22100人，水陆并进再度入侵朝鲜。
2月，明朝再次议定援朝征日，以麻贵为备倭总兵官，统率南北诸军。在3月，明朝以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。5月，邢玠赶至辽东。
开赴至朝鲜的第一批明军共约3万余人。
总兵麻贵率1万7千人驻守汉城杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原陈愚忠率骑兵3千人，屯兵全州吴惟忠率4千人进至忠州，与南原军互相呼应茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭明军的战略部署是，上述各军据守本部要塞，待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军即转入战略反攻，由南原、忠州发动钳形攻势，直捣釜山之敌。
先败后胜
6月，日本兵船数千艘停舶于釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后进攻南原（为全罗道外藩，一旦失守，天津、登、莱皆可扬帆而至）。明军副总兵杨元率领3千明军和3千余朝鲜军镇守南原，坚守数日后被日军攻破，守城将士绝大部分阵亡。
攻破南原后，付出很大伤亡代价的日军屠城一日。这时驻全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃的拿下了全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，汉城的屏障尽失，再一次濒临险境，朝鲜局势再度危若累卵。9月6日，麻贵命副总兵解生等率军2千，奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。7日，于稷山附近与日本战国名将黑田长政和率领的日军第三军团一部发生遭遇战，明军的后续部队杨登山率军赶到，败黑田长政，后因毛利秀元大军赶到而撤退。黑田长政占领稷山
9月，明军逮捕前兵部尚书石星下狱，并与在明军和日军之间两边获取利益的沈惟敬一同俱论罪处死，结果石星于1599年死于狱中，沈惟敬则于市集斩首。
10月麻贵以李如梅率数千攻向星州谷城，城将小早川秀包、筑紫广门起先死守，之后迎接小早川秀秋派出的援军山口正弘、南部无右卫门后转守为攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日军毛利秀元等则被参将彭友德率领的中朝联军重兵包围，死伤惨重，幸蔚山城将浅野幸长、宍户元续、太田一吉的接应援护才撤退。12月，援朝明军与日军大战于蔚山。
鸣梁海战
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战事再起之初，朝鲜水师几乎全军覆灭，结果无奈之下，朝鲜政府再次起用本来已遭罢黜的李舜臣。李舜臣到任时，原来苦心经营的水师，只剩下数艘舰只。但他因为身系救国重任，惟有在这个逆境里尽其全力，在全罗道右水营着手重建海军。1597年8月28日，李舜臣指挥着这支刚重建的水师，再度与日本水师决战，而决战地就是在鸣梁海峡。
李舜臣守在鸣梁海峡，但因兵力薄弱，所以决定设陷阱，派人乘退潮时在岸边设置了铁索与木桩。9月16日，日军统帅藤堂高虎率领330余艘战船和2万陆军出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼朝鲜水师。李舜臣首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以扰乱日军，使其以为朝鲜水师已恢复过来。他自己则亲率12艘战船引敌深入鸣梁海峡。在成功引诱日军进攻后，李舜臣随即发起集中的攻击，对准日军指挥舰攻去，结果歼灭了日军指挥舰和其他战船2艘，并击毙日军主帅来岛通总。同时间，潮水开始退却，朝鲜舰船趁势进攻，日舰因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上李舜臣事先埋下的铁索和木桩，无法退却。结果朝鲜水师全力拼杀，歼灭日舰30余艘，并击毙日军4000余人，再度重创了日本水师，重新掌握了制海权。
鸣梁海战的胜利，使得丰臣秀吉再度面对运兵和运输补给困难的问题，而日军虽然随后在陆战有所得着，但亦已后继无援，其最后败局已定。
日军蔚山防卫获胜
根据《晚明史》一书的记述，当时在朝兵力，明军远低于日军，丰臣秀吉调动的侵朝兵力，这时候已达十二万之多，而“明朝方面的援军，最初预定七万，实际最多时才四万。”后来才陆续增兵，“朝鲜李朝《宣祖实录》的记载，明军达十一万人。不过这些数字都是万历二十六年的事，万历二十五年战争初期兵力没有达到这一水平，日军明显占据优势地位”
所以一开始明军在朝鲜的形势相当困难，据守的城市接连失陷，进攻也遭到挫败。但在万历坚定不移的支持之下，形势开始逆转，日军逐渐抵挡不住明军的攻势，根据朝鲜人赵庆男《乱中杂录》记载：“丁酉九月六日，天将副总兵解生等，大败贼众于稷山金岛坪，加藤清正等退遁，流下岭南……麻贵领大军启行，至水原下寨，遣兵埋伏于芥川上下，以为后援……七日黎明，天兵左协出柳浦，右协发令通，大军直从坦途，锣响三成，喊声四合，连放大炮，万旗齐颤，铁马云腾，枪剑奋飞，驰突乱砍，贼尸遍野，一日六合，贼逝披麾……翌日平明，贼兵齐放连炮，张鹤翼以进，白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。天兵应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未几，贼兵败遁，向木川清州而走”
日军遭此惨败之后，明军乘胜追击，接连获胜，二十三日又攻取蔚山，最后把日军将领加藤清正率领的军队围困在岛山。但这时候日本大批援军到来，天又下大雨，解了加藤清正部队之危难，这时候明军的经略杨镐又指挥失误，仓促撤军，反而使明军遭受了损失。
而明军于攻打蔚山期间，明将高策趁日军大部赶往蔚山援救之时率2万2千偷袭日军本阵釜山，也被日将立花宗茂以8百人用夜袭和火计击退，是为般丹之战，同时更有另一支明朝联军偷袭梁山，但被黑田孝高击退。
谎报获胜1598年1月，明朝援朝和攻打蔚山的军队因为日本的毛利秀元、黑田长政等日军的援兵突然赶至，大为震惊。杨镐赶不及下令，便策马率先赶奔汉城，麻贵亦继而赶之，一时间所有军队皆溃败。只有副将吴惟忠、游击毛国器断后，日军在得胜后暂退以保住胜果，明军的辎重大多丧失。杨镐与邢玠却向明朝朝廷谎报前线大捷。但当时各营欲向明朝朝廷回报，士卒死伤二万，这使杨镐大怒，按而不报，只称死伤百余人。赞画主事丁应泰得知战败，至杨镐处商议应对计略，但杨镐竟出示张位、沈一贯的手书，扬扬自得。这令丁应泰愤而向朝廷回报战败事实，明朝首辅赵志皋欲保杨镐，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水军，并欲以海路运兵以作持久之计，5月明朝廷叫回攻略蔚山城失败的杨镐，新增兵力给于刘铤、邢玠并调派水陆约15万军力进朝鲜，于是都督陈璘以两广之兵，刘铤以四川之兵，邓子龙以浙江、南京之兵赶至增援，明将张榜、蓝芳威等于此时参阵。6月，杨镐罢职候查。
形势逆转
同年,日军小早川秀秋等部70000多人回国休整，以加藤清正，岛津义弘等64000人防守占领区
邢玠将明军兵力分为水陆四路，每路置一名大将，中路李如梅（后替换为董一元），东路麻贵，西路刘铤，水路陈璘，各自负责握守要地，相机而动，进攻之时，各率约五万分三路，以麻贵攻蔚山、董一元、刘铤进攻泗川、顺天。
9月底，明将麻贵再次包围加藤清正于蔚山（第二次蔚山之战），两军互有胜负，但最后遭到为了援救清正而前来的立花宗茂先以千人夜袭后以假营伏兵击之而败退。10月，总兵官刘綎、麻贵分道出击进攻日军，并大败之。然而董一元率兵3万余攻打日军新起的泗川城寨，由日将岛津义弘率7000兵力驻守，却因明军的大炮突然炸膛，并引起大营火yao库连番爆炸，全军登时乱成一片，这时岛津义弘一看明军大营发生爆炸，随即命令日军出击，混乱中的明军大乱，泗川又被日军夺回，据诸葛元声《两朝平壤录》记载：“大将军、木杠已打破大门一扇、城垛数处，而彭兵皆京城亡赖，素不习战，亦不擅火器；忽木杠破，药发冲起，半天俱黑，各兵一时自惊乱。倭因乘隙，从前小门杀出，直冲彭兵，皆溃走………彭兵三千，止存五、六十。”是为泗川之战。
10月，丰臣秀吉于8月死于京都伏见城的消息传至朝鲜，日军士气因而受挫，开始准备撤退。
露梁海战
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11月，日军无心恋战，由蔚山撤离，明军分道进击。加藤清正率乘船撤退。明军由陈璘提督水师，副将邓子龙、游击马文焕等皆由其统属。以战舰数百，分布忠清、全罗、庆尚各个海口。就在日军将领撤退之时，陈璘派遣邓子龙偕同朝鲜李舜臣联合出击，在露梁海上截击想援救小西行长的日军援军立花宗茂、岛津义弘、小早川秀包、宗义智、寺泽广高等部。邓子龙率三巨舰向日军进攻，并自为前锋，与日军决战。战斗时曾携壮士三百人跃入朝鲜战舰以救援，直前奋击。但其他战舰却误掷火器于邓子龙的战舰，使战舰起火，结果邓子龙战死。而李舜臣领兵来援，率龟甲船冲入敌阵，却被日军包围，结果身中流弹而亡，他死前叮嘱不许张扬，并把军旗交给其子代为发号施令，以继续战斗。随后副将陈蚕、季金等领军赶至，夹击日军，日军则因为成功让小西行长脱困而且战且退。而得以逃脱登岸的日军又为明朝所歼。这时刘綎方进攻小西行长，并夺取桥寨，陈璘以舰队一同攻击，再焚烧日军战舰百余艘。小西行长的友军岛津义弘引舰队来援，陈璘亦将其击败，结果来援日军只得扬帆退去，立花宗茂则作为殿后接应小西行长让其于日军成功撤退。
结束
12月，仍然留在朝鲜的日本残兵再次由乙山偷渡，但因为崖深而道浅，将士不敢进。结果陈璘在夜里潜入，向其连珠炮发，日军只得逃去，陈璘更领明军追击。
大明万历二十七年四月，明军班师回朝，神宗皇帝陛下升座午门，接受都督邢玠等献上的日本俘虏六十一人，都“付所司正法”，砍下来的敌人的头颅传送天下。同日，神宗皇帝接受百官朝贺，祭告郊庙，把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。次月，颁平倭诏诏告天下。
“奉天承运皇帝，诏曰：朕缵承洪绪，统理兆人，海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒。属者东夷小丑平秀吉，猥以下隶，敢发难端，窃据商封，役属诸岛。遂兴荐食之志，窥我内附之邦，伊歧对马之间，鲸鲵四起，乐浪玄菟之境，锋镝交加，君臣逋亡，人民离散，驰章告急，请兵往援。朕念朝鲜，世称恭顺，适遭困厄，岂宜坐视，若使弱者不扶，谁其怀德，强者逃罚，谁其畏威。况东方为肩臂之藩，则此贼亦门庭之寇，遏沮定乱，在予一人。于是少命偏师，第加薄伐。平壤一战，已褫骄魂，而贼负固，多端阳顺阴逆，求本伺影，故作乞怜。册使未还，凶威复扇。朕洞知狡状，独断于心。乃发郡国羽林之材，无吝金钱勇爵之赏，必尽弁服，用澄海波。仰赖天地鸿庥，宗社阴骘，神降之罚，贼殒其魁，而王师水陆并驱，正奇互用，爰分四路，并协一心，焚其刍粮，薄其巢穴。外援悉断，内计无之。于是同恶就歼，群酋宵遁，舳舻付于烈火，海水沸腾，戈甲积于高山，氛浸净扫，虽百年侨居之寇，举一旦荡涤靡遗。鸿雁来归，箕子之提封如故，熊罴振旅，汉家之德威播闻，除所获首功，封为京观，仍槛致平正秀等六十一人，弃尸稿街，传首天下，永垂凶逆之鉴戒，大泄神人之愤心。于戏，我国家仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者虽强必戳。兹用布告天下，昭示四夷，明予非得已之心，识予不敢赦之意。毋越厥志而干显罚，各守分义以享太平。凡我文武内外大小臣工，尚宜洁自爱民，奉公体国，以消萌衅，以导祯祥。更念彤力殚财，为日已久，嘉与休息，正惟此时，诸因东征加派钱粮，一切尽令所司除豁，务为存抚，勿事烦苛，咨尔多方，宜悉朕意。”
影响
明朝
根据1569年兵部侍郎谭纶的记载，明朝全国军队定额为313万8300人，而实际上是84万5000人。推测北边服役的军士为50万人，马匹10万匹，这些数据是根据黄仁宇所著《16世纪明代中国之财政与税收》中引述大明会典与皇明经世文篇所推估的。而如果到神宗时的军队数目不变的话，援助朝鲜的16万6700余人的兵力等于是动员了明朝19.72%的兵力，这个数字不可说是不大，尤其是对于一个农业国家而言。就支出的经费方面，对于明朝也是一个巨大的负担，明朝税收有一个特性是税率极低，据统计税率在5.5%~12%之间，所以一般正常情况下，政府税收是无法支应突发状况，而援助朝鲜的支出在实质上是由太仓库支应的，太仓库在1592年时有700万两，每年流入是约当209万2000两，以军费而言，一年支出平均是240万两左右，也就是援助朝鲜的支出造成了太仓库的赤字，再考虑到万历三大征发生的年代几乎都接近，这也就是为何在神宗过世后，根本上太仓库是已经完全匮乏的原因，也造成财政的紊乱。
一般认为两次支援朝鲜加速了明朝的灭亡，除了长期的远征带给国力日衰的明朝沈重负担之外，清太祖努尔哈赤也在“文禄·庆长之役”中仔细的观察了明军的作战方式，使他在日后的对明战役中zhan有了优势。
此次战争还有一个特色是，战争虽然发生在朝鲜，但作战却以明军为主体，朝鲜军作战能力极差，原因出在朝鲜严重的重文轻武。根据宣祖实录的记载，明将看朝鲜兵如同一群羊，听到炮声随及溃走。朝鲜的重文轻武严重到如果家中有两个小孩，一人念书就坐堂上，一人习武就在堂下使唤如同奴仆一样之程度。加上器械之不修，城池之不固，明将形容朝鲜城池连老弱病足都可以一跃而过，宿营则是以竹木为外逢炮火则毁。朝鲜军的无战力，也让明军不得不做为作战的主力。
朝鲜
朝鲜在战争里被日军侵略，使得人民流离失所。在战后百业萧条，农产量更大减，使得朝鲜经济在多年后仍不能恢复。
经此战争后，朝鲜受此战争影响多方重视火器的发展与训练，所以在炮手的训练上甚为卓著，可以参考李光涛先生的《记明季朝鲜之（丁卯虏祸）与（丙子虏祸）》一书，里面提到为了对明战争，清朝曾经征兵朝鲜，朝鲜所派出的炮手在松山之役重创了明军。
日本
日本的丰臣家侵朝失败，使其损兵折将，期间更造成丰臣家内部出现文治派与武功派的内部斗争。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展开关原之战（反德川联合军+丰臣文治派对德川军+丰臣武功派），丰臣秀吉之子丰臣秀赖虽然尚年幼并无支持任何一方，但此战之故使丰臣家的威信大不如前，1615年大坂夏之阵德川家康彻底歼灭丰臣家，开始江户幕府时期。
万历朝鲜战争
日期：1592年—1593年，1597年—1598年，地点：朝鲜半岛，结果：大明、朝鲜联军胜利，日军撤退
参战方：中国明朝，朝鲜李朝，日本安土桃山时代
指挥官
中国：李如柏，麻贵，刘铤，邢玠，陈璘，邓子龙，杨万金，麻来，周道継，李洞宾，郭安民，王子和，汤文瓉，銭应太，张应元，陈観策
朝鲜：朝鲜宣祖，光海君，李舜臣，权栗，柳成龙，郭再祐，宋象贤，郑拨，申砬，金时敏，惟政，元均，李亿祺，崔湖，柳崇仁，徐礼元，倡义使，金千镒，黄世得，李宗张，尹兴信
日本：丰臣秀吉，宇喜多秀家，小早川隆景，加藤清正，小西行长，藤堂高虎，加藤嘉明，锅岛直茂，细川忠兴，石田三成，黑田长政，福岛正则，毛利辉元，宗义智，胁坂安治，九鬼嘉隆，岛津义弘，毛利秀元，立花宗茂，吉川广家，大谷吉继，上杉景胜，直江兼续，太田一吉，来岛通总
兵力
中国：第1次（1592–1593）约50,000人，第2次（1597–1598）约75,000人。
朝鲜：34,000人（战争开始时）最后：22,600人（包括民兵等）。
日本：第1次（1592–1593）约160,000人，第2次（1597–1598）约140,000人。
伤亡：大明：约30,000人，朝鲜：约300,000人,100万平民；日本：约140,000人.
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