时荆州刺史刘道规，即裕之从弟，因病求代，晋廷乃遣刘毅往镇荆州，调道规为豫州刺史，及调任豫州，未几即殁。道规在荆州数年，秋毫无犯，惠及人民，荆人闻讣，相顾流涕。
刘毅自豫州兵败后，与刘裕同朝相处，外逊顺而内猜疑，毅自命为豪雄，独能文，涉猎传记，一谈一咏，朝右词臣喜与毅交纳，缙绅文士多半归附，及毅出镇荆州，多反道规旧政，檄调豫州文武旧吏，隶置麾下，且求兼督交广，与仆shè谢混、丹阳尹郗僧施往来尤密。请任郗僧施为南蛮校尉，毛修之为南郡太守，刘裕一一允行。
毅弟刘藩讨逆有功，擢任衮州刺史，出镇广陵。会值刘毅有疾，上表乞调弟藩为副帅，刘裕大忌之，佯从毅请，召藩入朝，比及藩入都，刚到阙下，裕即饬令卫士将藩下狱。并请得诏书，诬称刘毅兄弟与谢混共谋不轨，并混一并拿下，与藩同rì赐死。一面自请讨毅，刻rì召集诸军，仗钺西征。
授前镇将军司马休之为平西将军荆州刺史，随同前往，且遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩，带领前队军士，掩袭江陵。镇恶用轻舸百艘，昼夜兼行，伪充衮州旗号，直至豫章口，荆州人士尚不知刘藩已死，总道是刘藩西来，毫不猜忌。镇恶舍舟登岸，径达江陵，刘毅探悉实情，急yù下关，已被镇恶闯入，关不及键，兵不及甲，顿时全城沸腾。毅率左右数百人，驰突出城，夜投佛寺，寺僧假意收纳，竟趁刘毅熟睡之机将其仓猝缢死。镇恶搜得毅尸，枭首市曹，并将毅所有子侄一并杀毙！
越数rì刘裕军至江陵，捕杀郗僧施，宥毛修之，宽租省调，节役缓刑，荆民大悦。裕遂留司马休之镇守江陵，自率大军还京师。
裕西行时留豫州刺史诸葛长民监太尉府事，又加刘穆之为建威将军，使佐长民。长民听闻刘毅被杀，只怕招来彭越、韩信之祸，遂与弟黎民计议除去刘裕。遂贻书联络刘敬宣，有共图富贵等语，殊知敬宣竟将书寄与刘裕。裕暗中乘夜入府，除刘穆之外，无人得闻。越rì天晓，裕升堂理事，以迅雷之势处死长民，并捕杀长民弟黎民、幼民、从弟秀之。
刘裕此时权倾朝野，野心逐渐见涨，铲除异己，不能容忍有人结党逆己。会司马休之子文思入继谯王，xìng情暴悍，滥结党徒，为裕所嫉视。文思捶杀都中小吏，由有司上章弹劾。有诏诛文思党羽，贷文思死罪。休之在江陵闻悉，奉表谢罪。裕饬将文思执送江陵，令休之自加处治。休之但表废文思，并寄裕书，陈谢中寓讥讽意。裕由是不悦，使江州刺史孟怀玉，监督豫州六郡，监制休之。越年又收休之次子文质，从子文祖，并皆赐死。自领荆州刺史，出讨休之。留弟中军将军刘道怜，掌管府事，刘穆之为副。事无大小，皆取决穆之。遂率大军出都，溯江直上。
却说玄机暗中早已窥晓刘裕心事，乘夜来见刘裕道：“汝诛刘毅、杀诸葛长民，挥手间两首悬竿，现又yù除司马休之，莫非想效晋祖司马昭yù窃晋祚耶？”
裕大惊道：“师叔何出此言？吾此举只为平乱讨逆，实为社稷安危，何谈窃篡？师叔误矣！”
玄机又道：“兴衰之道，惟有能者居之。昔唐尧虞舜，禅让传国，至启王立夏，自称天子，世袭传国，桀王无道，商汤伐之，纣王无道，武王伐之。国祚衰败，必有圣主取之，商汤、周武、秦始皇、汉高祖均以武功成就帝王之业。王莽、曹丕及晋祖司马炎均篡国立祚。天下者，有德者居之，无德者失之，此是古今不变之理。今晋室衰微，安帝昏庸无能，虽偏安于江南一隅，外有强魏、后秦虎视眈眈，国内先有孙恩后有桓玄、卢循、徐道覆、谯纵相继举兵做乱，晋祚已岌岌可危。幸有你刘裕，扶大厦之将倾，救晋室于危亡。率军杀孙恩平灭叛乱，诛桓玄迎回安帝恢复晋祚，剿除卢、徐二贼，平灭南燕，谋定西蜀。晋廷内处赖汝一人，功高而震主！而晋室已是内外皆朽，**不堪，犹如人之病入膏肓，久病而无医。此正是将军建功之期，废晋祚而自立，乃天授公之命也！倘公为之，贫道将鼎力助公。”
这番话正是连rì来刘裕心中所想，原来他已有此意，遂与玄机无话不谈。刘裕言道：“吾本为道教门人，受命于教主，整顿人杰，斩将封神，考录仙籍。倘若夺取晋祚，怕是要开罪于道教，违反教规，倘若师尊问罪，如何是好？”刘裕早想篡位自立，况晋祚已是唾手可得，惟惮道教，恐怕教主见罪，故而迟疑。
玄机本是通天教主门下，其心机缜密，富有智谋，颇jīng于筹计，而且城府极深，内藏jiān诈。虽为道教门人，却暗中与妖王玄冥交好，和巫王熬公往来密切。他已经觉察到三界之中将面临大乱，浩劫难以避免，神仙一千五百年的劫数即将到来。玄机思量着自己千余年来的所作所为，恐怕难逃天遣！再者南极仙翁令谕：遣道教门人弟子悉数下山，入世修行。玄机明白此是道教的门人弟子多犯杀戒要面临劫数，或生或死，其实难料！他知刘裕受任于道教，担承斩将封神的重任，恰刘裕有心废安帝而自立，玄机见机会难得，便想假刘裕之手，掀起争斗，使刘裕与道教决裂，不能行封神斩将之事。于是他百般安慰刘裕：“你杀了刘毅兄弟、诸葛长民乃出于私心。yù除司马休之，也是为了扫清障碍，汝滥行杀伐，难免教主会怪罪于你，你就不怕到时道教势必兴师问罪？”
刘裕问道：“这却如何是好？倘教主及师尊降罪将如何应对？”
“尽可放心，我即刻动身，前去游说教主与你师父，消除他们对你的疑虑，暂时先稳住他们。等你夺取社稷，君临天下时，木已成舟，彼时他们亦无计可施，只能由你。”
“多谢师叔，全凭师叔相助，裕当铬记于心。”刘裕谢道。
玄机动身，不去道教，却去见妖王玄冥，向其禀报刘裕及道教的近况。他劝说玄冥等自己挑起刘裕与八仙间的冲突时，派兵将协助刘裕，借裕之手覆灭道教！玄冥岂有不允之理，yù之要想称霸三界，首先就要抑制道教的势力，只要除去八仙，继而战胜三清道祖，便可以轻易夺取天庭！玄冥立即答应派手下相助玄机。玄机又访到了弟子方朔，方朔此时心灰意冷，兵败新亭，险些丧命，妻离子散。受此挫折，他意yù深居山庄，再不出头！见了玄机，方朔垂头丧气：“弟子辜负了师父重恩，在新亭一败涂地。卢、徐二人均不成器，难成大事。弟子现在心灰意冷，愿潜心修行，再不过问世事！”
“为师知你聪明绝顶，天赋极高，且素怀大志。岂能遇到小挫便如此颓丧？现有一途，可使你鸿志得伸，才能得以施展，近则使你永享富贵，远则可使你显赫于三界！”玄机劝慰方朔：“今刘裕之威名显冠宇内，他本是道教遣往人间斩将封神，整顿人杰之人，本来其前途不可限量！现在裕有席卷宇内，并吞八荒之心，偏偏他野心渐长，觑窥晋祚久矣，早晚篡位自立！而道教与刘裕早晚定当决裂，是因人间帝祚必得人主宰之，盛衰兴替，自有定数，而刘裕却逆天而行，滥用仙道之术，屠戮生灵，行帝王人主之业，与道教势必兵戈相见。而你我师徒却屡犯教规，犯有杀戒，恐难逃劫数。幸为师与裕私交甚厚，不如先事刘裕，助其成就大业，然后推波助澜，乘乱逆祸，趁机挑起战端，剿灭八仙，我等便可逃过此劫，坐收渔人之利。其后我师徒便可要风得风，要雨得雨，再无忧患。”
“师父，此言令弟子茅塞顿开，豁然开朗。全凭师父做主，弟子遵命就是！”方朔本来就不安分，被玄机几句话，斗志遂又燃起，遂将山庄全权交付与刘星。刘星自方朔离开卢循、徐道覆后，亦跟随方朔回到了青云山庄。方朔跟随玄机来见刘裕，裕素知朔才，现知其乃玄机高足，倍觉亲切，虽然曾经为敌，却也各自相互敬重。今rì方朔来投，裕心中甚喜，有不打不相识之感，遂收朔在帐下，倚为心腹。方朔又去苗疆拜会了巫王熬公，那熬公正因雷蒙、云母丧在八仙之手，心生怨恨，yù起巫兵讨伐刘裕。
方朔到来，叩拜于地，先请罪先述说了二位师兄因助自己与刘裕交战，后来八仙插手，以八仙之力杀害了两位师兄！然后接着说道：“自古巫道势不两立，道教人多势众，树大而根深，鸿钧老祖、三清圣人、道教诸仙道行高深，而且天庭的神仙也多出自道教门下。如果现在公然对道教用兵，必然与天庭为敌，当年巫道之争，巫家大败。现以我等巫家之力，决不是道教诸仙和天界神将的敌手！”
这席话说得巫王连连点头，本来自古以来巫道之争就从来没有休止过，洪荒之战，巫家在与道法的争斗中失败，道法大兴而巫家却rì益衰落，逐步退出了中原，而避居在南蛮荒野，巫王及大巫们心中不甘，早想东山再起，与道教再决高下。
方朔又道：“师尊万不可对刘裕用兵，此人现对我们大大有用！现在刘裕正违逆道规天条，yù夺晋祚，篡位自立，势必与道教决裂。我与玄机师徒暗中谋划，借刘裕之力与道教一战。我师玄机道长已经请妖王玄冥出兵协助刘裕，而我们巫家也要出兵加入刘裕与道家决一雌雄。乘势先剿除八仙，不知师父以为如何？然后，巫妖合力一举平灭道教。”
敖公当即应允，一旦交战，即派出巫兵助裕。
回头再说刘裕率军讨伐司马休之，休之哪里是刘裕敌手，接连败绩，休之无可奈何，率众奔走后秦。刘裕奏凯班师，晋廷加刘裕扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。又加刘裕为平北将军，都督南秦，凡二十二州。未几晋封中外大都督，裕长子义符为衮州刺史并豫章公，三子义隆为北彭城县公，弟道怜为荆州刺史。
刘裕因后秦屡纳捕逃，决意声讨。加领平西将军，兼司、豫二州刺史，长子义符为中军将军，监留府事，刘穆之为左仆shè领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外。分付已毕，裕分诸军数道，兵分四路，依次西进伐秦，刘裕在后督军，浩浩荡荡。
诸路大军驰入秦境，所向皆捷。此时秦正在内乱，秦主姚兴死后，诸子争相夺权，骨肉相争，关中扰乱。秦室宗亲，竟自置国危而不顾，反倒戈内逼秦主，待秦主平乱已毕，秦兵已损失大半，如何挡得住刘裕的jīng锐之师？裕师直捣长安将秦主姚弘及姚氏子弟百余名悉数捕捉，除了解姚弘入都戮诸市曹外，余皆不赦，一律处斩。
司马休之等众待后秦败亡，遂投北魏，北魏收留休之并其子文思、副将鲁轨，各给官阶，使参军政。裕向北魏索取而不获，因北魏强大，只好暂时作罢。晋廷已加裕为相国，总掌百揆，封十郡为宋公，备九锡礼。裕又佯辞不受，再进爵为王，增封十个郡，裕仍表辞。
此时刘裕正yù一统华夷，而此时的五胡十六国亦仅存夏、后凉与北魏。刘裕正拟准备向西北而攻夏，yù灭夏、平凉转而攻魏，统一天下。忽然，京中传来急报，乃前将军刘穆之得病身亡，裕不禁惊惶悲恸，泪下数行。穆之为裕心腹，自裕西征后，内总朝政，外供军需，决断如流，事无壅滞。又甚得众望，裕每届出征，无论国事家事悉数委托，穆之极尽心力，勉图报效。刘裕失去得力的股肱良佐，恐朝中根本无托，决意东归。
留下次子年不满十三岁义真为安西将军，都督雍、凉、秦州军事，镇守关中，并留下文武贤士辅佐义真，共守秦土。刘裕仓猝东归。;
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